O Hotel Butantã está convenientemente localizado em São Paulo, a apenas 100 metros da estação Butantã do metrô. Além disso, encontra-se a uma curta distância de 600 metros do Portão 1 da USP e da ACADEPOL, bem como a 800 metros do Instituto Butantã. Para os entusiastas das compras, o hotel está a apenas 17 minutos a pé do Shopping Eldorado.